昌平科研基地工作领导小组本年度共召开了3次会议，就二期征地补充评估原则及全过程审计、昌平服务中心规范化建设与人员招聘、核研院新生活区东三楼公寓运行管理方式等重要事项进行了讨论并形成决策意见。
3月11日，副校长吉俊民到昌平科研基地检查工作，了解B地块施工建设和核研院新生活区东三楼加固改造情况。吉俊民强调，为迎接建党100周年和建校110周年，各参建单位要有大局观，并尊重基建客观规律，守住安全底线，科学管理，加强控制，创建优质工程。
3月28日，昌平服务中心办公地点迁至昌平科研基地行政办公区。
4月17日，学校第十四届党委第一百四十四次常委会会议审议通过《昌平科研基地管理服务中心职能配置和内设机构规定》（清委发﹝2021﹞17号）。
4月29日，经学校第十四届党委第一百六十三次常委会会议讨论通过，任命昝青峰为昌平科研基地管理服务中心主任；刘俊为昌平科研基地管理服务中心副主任（清组干字﹝2021﹞第25号）。
5月27日，经后勤党委批准，昌平服务中心党支部正式成立，昝青峰任党支部书记，刘俊任党支部副书记。12月24日，经后勤党委批准，增补郭力锋为组织委员，边金颖为纪检委员，刘俊兼任宣传委员。
5月，航空发动机研究院A5楼2层数字发动机展厅进场装修，于6月初完工。10月7日，航空发动机研究院A4、A5、A6楼启动装修施工。
6月2日，南口镇成立清华二期项目腾退现场指挥部，正式进场，启动二期征地腾退工作。
6月3日，副校长吉俊民到昌平科研基地进行实地调研并召开座谈会，推进昌平科研基地A地块运行、B地块建设和昌平服务中心规范化管理相关工作。吉俊民要求，继续推动学校与昌平区的沟通联络，依靠专业机构推进二期征地等相关工作；加快制定昌平服务中心“三重一大”等重要制度、推进人事管理等规范化建设工作；加强与200号现有运行团队的合作，互相支撑，共同探索未来融通管理的有效模式。同时要求，关注汛期工作，避免出现人员和财产损失、基础设施毁坏等。
6月25日，信息办主任、信息化技术中心党委书记张小平，总务办副主任、后勤处副处长高海滨一行到昌平科研基地调研信息化建设工作并进行座谈，探讨昌平科研基地信息化建设管理模式。经讨论，大家均认为参照校机关管理模式较好，建议进一步完善昌平科研基地信息化建设工作管理体系。
7月，A6楼B1层的财务处票据库正式启用。
7月27日，苏-27战斗机运抵基地。10月15日，苏-27战斗机展示台基础施工启动。12月25日，完成整机组装及支架固定。
8月1日，能源与动力工程系A3楼进场装修。
9月10日，常务副校长王希勤与相关部处负责人到昌平科研基地现场调研，围绕昌平科研基地A地块运行、B地块建设及昌平服务中心未来发展等进行座谈交流。王希勤强调中心要立足学校长远目标，积极探索新管理模式；要围绕目标任务，加强与相关部门的协同联动，共同做好昌平科研基地的服务保障工作。
10月22日，昌平服务中心职工队伍人事制度改革设岗方案通过学校职工队伍建设领导小组审核。中心本年度按计划招聘的8人于11月8日前已全部到岗。
12月30日，学校与南口镇人民政府签订《清华大学昌平科研基地二期项目征地委托协议》。
